故事发生在未来时代，由于外层空间战乱不断，大批外星人纷纷来到地球避难。在这种形势下，美国移民规划局特别设立了属于绝对机密的六处，专门负责外星人安置事宜。 在这里工作的人一律身着黑色西装、戴墨镜，统称“黑衣人”。k是一位经验丰富的“黑衣人”，影片开始时，他接到线报，火速赶往边境地带，在沙漠中央拦了一辆偷越国境的卡车。k不费劲地就辨认出了车上哪些是化成人形的外星人，哪些是已经被外星人操纵了灵魂的地球人。他用一种特制的手电筒－－照射地球人头部，消除了他们大脑中与外星人遭遇过的记忆。然后，他把外星人统统带到总部。 根据移民规划局的指示，这些外星人可以留在地球上，但他们必须以地球上的动物形状出现，以免造成大规模的恐慌。与此同时，一名年轻的纽约警察正在追逐一名罪犯，不久他就发现这个具有天才运动员素质的罪犯，原来是个外星超人。罪犯以百米速度穿越整个曼哈顿，最后跑到了古根海姆博物馆的屋顶上，他转身对追赶他的那名警察说，世界末日马上就快到了。说完，他以一个漂亮的向外翻腾的跳水动作飞身而下。 这名年轻警察很快就被k吸收到“黑衣人”的队伍中来，他的代号是j。k迫切需要j的帮助，共同对付“吸血魔鬼”埃德加。埃德加原是一名坏脾气的农夫，在与ufo发生了“第三类接触”之后，他被一伙邪恶的外星人所控制，作恶多端。埃德加来到纽约曼哈顿，他设法杀害了在熟食店工作的原外星人首领，得到了具有无穷威力的“银河钻石”，这意味着整个银河系将落入一群坏蛋手中。关键时刻，专门以外星人作为研究的医学家劳瑞尔。发现了变化多端的埃德加的踪迹，并一路追踪到纽约世界博览会旧址，这个巨大的圆形建筑已经被外星人改造成了一艘宇宙飞船。k和j及时杀到，与变成巨型昆虫的埃德加展开激战，最终摧毁了邪恶外星人全面占领地球的计划。阴谋未遂的外星人乘坐飞船逃之夭夭，显然他们贼心未死，在未来黑衣人的续集中，他们定会对地球发起更猖獗的反攻。