本片的拍摄过程同片中蛮荒之地的艰难求生经历一样，演员和剧组人员都经受着苛刻的挑战，而且整部影片的拍摄被看作是当年最非同小可的拍摄计划之一。影片拍摄耗时16个月，中途停拍长达1年，不过停拍原因并非是节外生枝，而是为了让汤姆·汉克斯能减掉55磅体重和将头发留长。在停拍期间，导演罗伯特·泽米吉斯带领《荒岛余生》的制作班底拍摄了哈里森·福特和米歇尔·菲佛主演的《危机四伏》。 　　其实早在本片的早期筹备阶段，泽米吉斯和汉克斯就曾反复思量，要想以现实的手法描绘片中时间的流逝和查克所经受的痛苦折磨就必须将影片拍摄叫停，在这段时间，汉克斯不仅完成了外形上的蜕变，而且在情感上也发生了微妙改变。“当我们重新归队时，”泽米吉斯回忆道，“我们看见汤姆的眼中跳跃着一种生命的火花，他找到了查克的感觉。” 　　在美工设计师里克·卡特(Rick Carter)、摄影指导唐·伯吉斯(Don Burgess)、执行制片琼·布拉德肖(Joan Bradshaw)、制片人史蒂夫·斯塔基(Steve Starkey)和杰克·瑞普克(Jack Rapke)等老搭档的协助下，泽米吉斯于1999年元月拉开了拍摄《荒岛余生》的序幕。与大多数影片不同的是，本片是按故事发展的时间顺序拍摄的。 　　剧组的第一站是莫斯科，这是座本就戏剧性十足的城市，在这里要介绍查克的工作和生活，摄影师用移动的镜头表现出查克生活的节奏。在红场拍摄期间，剧组甚至封闭了整个广场。 　　在莫斯科完成一周的拍摄之后，剧组回到洛衫矶的摄影棚拍摄。2月，全班人马奔赴斐济，艰辛的工作才刚刚开始。早在1998年6月，主创人员就开始寻找一处合适的荒岛，最后终于在斐济群岛的西北部找到了荒无人烟的Monu-riki小岛。Monu-riki是一个火山岛，只有99英亩大小，步行2个半小时就可以游遍全岛。与众不同的地势特点、质朴的海滩和椰林是小岛的魅力所在。 　　获准在小岛上拍摄经历了复杂而漫长的过程，不仅需要耐心，还要研究当地的风俗习惯，从而博得小岛主人的好感。在同斐济人拟订的拍摄合同中，还包括环境管理守则，在小岛上的整个拍摄期间，有一位环境保护主义者负责全程监督。 　　在完成小岛上的第一阶段拍摄后，2000年4月，剧组重返Monu-riki岛拍摄了一周，然后转道Namotu和Tavarua岛，因为这两个小岛的港口可以容纳下剧组的小型船队，是拍摄查克在凶险的海浪和礁石中逃离荒岛的最佳地点。剧组提前1天半完成了在斐济的拍摄，随后返回洛衫矶，在摄影棚中拍摄特效场景。 　　查克重新回到文明社会的欢迎仪式在孟菲斯的联邦快递超级中心拍摄，有1200名联邦快递公司雇员成为临时演员，甚至联邦快递的创办人佛瑞德·史密斯也出现在画面中。本片编剧小威廉·伯洛莱斯(William Broyles Jr.)就是得到史密斯的允许才开始创作剧本，而且影片拍摄期间，联邦快递公司给予了前所未有的支持。 　　影片明显分为三个部分。飞机事故前的“第一幕”多以手持摄影机拍摄，动感的镜头反映了主人公快节奏的世界，套用一句老话就是“跟时间赛跑”；荒岛上的“第二幕”整整有一个多钟头，是全片的精华——没有音乐、没有对白或画外音，镜头大部分时间停留在固定机位，连人物走出镜头都没有移动追踪，仿佛时间已经凝固。离开荒岛后的“第三幕”，镜头开始升降推拉等浪漫手法，如同起伏跌宕的音乐。影片真正的“配角”是一个叫做“威尔逊”的排球。“威尔逊”是一个体育用品牌子，该排球出现在漂流到岛上的一个包裹中。汉克斯选择这个牌子，真正的原因是他的爱妻姓威尔逊。影片揭示了生命的耐力，尤其是当你孤立无援时，如何保持心理健康，在克服无数天然屏障的同时，战胜自己内心无奈无助、渴望放弃的意识。影片引人深思：家庭、工作、亲人、生命，究竟什么是永恒的。