在地球科学博士田所雄介（丰川悦司饰）的指挥下，海神6500号的小野寺俊夫(草剪刚饰）与同僚结城慎司（及川光博饰）一起参加了深海调查。该调查的结果让小野寺大吃一惊——由于海底板块的急速下降，日本列岛将会在仅仅一年后沉没。 田所将这个全日本的危机告诉了其他的科学家，却被视为“不值得一听的妄言”。但是，内阁总理大臣山本尚之（石坂浩二饰）却认识到了事态的严重性，任命田所的前妻鹰神沙织（大地真央饰）为危机管理 大臣。山本总理也为了申请海外接纳日本难民进行避难而开始了他的说客之旅。 可是，时间不等人，以北海道的地壳变动为开端，从九州深入至内陆的地壳变动浪潮席卷日本列岛。政府发布了紧急事态宣言，人们为了寻求逃亡的路而仓皇逃窜。鹰神紧急展开避难计划，但她的努力却显得苍白而无力，牺牲者的数目仍然是不停上升。 另一方面，小野寺与危机救援队队员阿部玲子（柴崎幸饰）一起，救出了失去了亲人的少女仓木美笑（福田麻由子饰）。在阪神大地震中失去亲人的玲子领养了美笑。为了鼓励美笑，小野寺前往玲子的住处探望她们。这三个在灾难中碰见、结识的人之间产生了一种强烈的难以断绝的关系，玲子和小野寺各自的心也都被对方所吸引了。 时间一刻一刻地逼近，在日本列岛即将分崩离析前、在这史上最严重的国难前、一亿二千万的日本人到底该何去何从？现在，与全体日本人的存亡息息相关的壮烈的挑战拉开帷幕……