公元1545年，战国乱世。大名东乡秀信手下，有一群忠心耿耿的忍者团，名叫影一族。白影率领忍者团接下一个新任务——侦察京极城下沉睡的新式兵器。赤影、青影、飞鸟三名忍者，戴着非地球金属制造的护具及武器，悄悄潜入城内。然而等待他们的却是与根来忍者的一战，飞鸟丧命，青影精神受挫离开了一族。 与此同时，京极城城主兼光神秘去世，其孙女琴姬决定假扮男子，承继统治之权。下毒害死兼光的家老竹之内，只好派根来忍者，前去暗杀琴姬。谁料，在竹之内伸出魔爪之时，赤影却搭救下了琴姬。随后，不断有意外发生，赤影打破了忍者的规矩。 得知竹之内要抹杀琴姬及其家臣后，赤影决定阻止竹之内邪恶的计划，并立即展开了行动。可是，当赤影成功战胜竹之内后，自己失掉了做忍者的资格，他决定靠自己走向新的人生之路。