一千年来，“旧共和国”(Old Republic)在议会的明智统治及绝地武士们的保护下，逐渐壮大繁荣。然而，如同所有财富和力量因为成长太快且引起太多的弊端，贪婪的邪恶势力随时想趁机侵略。由于过于重视商业利益，议会开始腐败，一位名为白卜庭的野心政客被选为最高议会议长。最令人心神不宁的是，在西斯(Sith)黑暗势力的带领下，危险的军团在消失一千年后重现江湖。 在这场混乱当中，善于领导的前绝地武士杜库伯爵推动起“分离主义者”运动。他承诺要改正日益猖獗的腐败和贪婪趋势，于是说服几千个星球脱离“共和国”。 许多支持者不知情，杜库伯爵是西斯黑暗势力中的一员，效命于神秘的西斯首领达斯·西迪厄斯(Darth Sidious)。多年来，达斯·西迪厄斯跟许多商业力量强大的组织和他们手下的机器人军队结盟，旗下邪恶联盟的数目已大到几乎无法阻挡。 最后，杜库伯爵计诱尚无警觉心的绝地武士到一处荒凉的星球吉诺西斯(Geonosis)。不过，在分离主义者势力毫无察觉之下，绝地武士发现他们的秘密武器，那就是共和国几年前暗自安排的大群复制人军队。绝地武士打赢了吉诺西斯星一役，可惜这场胜利维持不久。 吉诺西斯星之战不但没有确保绝地武士的力量，它反而成为星球大战的前哨，继之而起的银河战争像野火般蔓延开来，吞噬好几千个星球体系。这就是“克隆战争”的开端。 现在，绝地武士努力奋战，以他们的复制人军队对抗敌人的机器人军队，想维持银河的自由并恢复和平。绝地武士和分离者大军的对峙横越好几百个星球，为了银河的未来互相交战。随着斗争愈演愈烈，阿纳金·天行者、欧比旺·克诺比和亚苏卡·谭诺被卷入这场大战的混乱当中。同时，杜库伯爵、达斯·西迪厄斯和阿莎洁·凡翠丝则不计一切代价地想要推翻“共和国”。