电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有「哥斯拉」，变成怪物大战外星人。 趁着哥斯拉诞生50周年，日本东宝公司决定斥巨资拍摄完结篇《哥斯拉最后决战》。在终结篇里，因为哥斯拉的孩子被误杀，它兽性大发开始报复。哥斯拉四处捣乱，包括美国、法国、澳大利亚、中国等，每一个国家都会选择最富特色的城市，中国选中了上海。面对哥斯拉疯狂的进攻，人类害怕逃难，索性出现了能够对付它的火龙，经过多场激战，哥斯拉最终被消灭。据日本导演高津介绍，影片的主角松冈昌弘和菊川怜均是日本当红的影星。 据悉，这次到上海拍摄的主要内容是哥斯拉现身上海，市民惊吓纷纷逃跑，然后借助东方明珠与和平饭店的外景模拟出哥斯拉大战火龙的效果。虽然电影中的哥斯拉将全由电脑制作完成，但人群的反应及现场爆破效果却需要实拍。实拍的戏围绕着200多名群众演员，他们要想象面对巨大怪物，做出各种惊恐表情，并四散逃跑，逃跑过程中，他们将撞翻一个包子摊、一个水果摊，高压电线被击得电光四射，行驶中的公车也着起大火，场面相当壮观。 自1954年首现银幕以来，日本东宝公司已经拍摄了22部“哥斯拉”电影，“哥斯拉”成为了日本最具人气的怪物之一。2000年好莱坞亦看重这一题材的潜力，拍摄了动作科幻片《怪兽哥斯拉》，票房大热。但东宝公司觉得不能永远将这一题材拍摄下去，不如趁着50周年让它告别银幕。在终结篇里哥斯拉会在世界各地四处捣乱。