经过了数千年﹐太阳神再次复活﹐回到地上。 他为了要惩罚世人﹐执行神的旨意﹐要地面被洪水淹没﹐重新创造一个属于神的世界。 他还主动地找雅典娜﹐要求她一起统治新的世界。 这时﹐星矢等人来到找沙织﹐却被太阳神的神斗士所阻止﹐ 而且阿波罗更以神力使到在十二宫中死去的黄金圣斗士复活。 眼看著星矢被人毒打﹐沙织却无动于衷﹐还跟著阿波罗回太阳神殿。 原来﹐沙织因为看到阿波罗强大的神力﹐自知圣斗士跟本不是他的对手﹐ 希望自己可以暗杀阿波罗。 可是最后却失败了﹐雅典娜反被阿波罗所杀。 修罗和卡妙首先发难﹐但是却被三名神斗士围攻﹐力战而亡。 星矢知道女神已死﹐于是来太阳神殿找阿波罗算账﹐途中遇上阿特拉斯。 毫无斗志﹐一心求死的星矢﹐很快便被阿特拉斯打败了。 另一方面﹐紫龙﹑冰河和瞬也赶到。 紫龙被迪斯马斯克的积尸气冥界波打进冥界﹐还看到正在走向黄泉尽头的沙织﹐ 他于是使出庐山昇龙霸的真正实力把迪斯马斯克击倒﹐可是却中了巴裡尼健的偷袭。 瞬遇上阿布罗狄﹐更被他的白玫瑰刺中﹐这时凤凰的羽毛出现﹐ 一辉打败了阿布罗狄后也中了阿特拉斯的重击。 冰河安全的到达太阳神殿﹐因为不愿意为雅典娜制造冰棺而与巴裡尼健对决。 冰河打倒巴裡尼健后也身受重伤。 星矢再次站起﹐从撒加的口中知道要救沙织﹐必须切断阿波罗引领沙织走向黄泉的小宇宙﹐ 即是说还有一线的希望。 撒加要星矢离去﹐自己则对付撤奥﹐并与他同归于尽。 五人来到阿波罗神殿﹐但被阿特拉斯一一击倒。 不过﹐从不放弃的星矢﹐穿上人马座黄金圣衣﹐ 而紫龙及冰河也分别穿上他们师父的天秤座及水瓶座黄金圣衣。 他们打败阿特拉斯后被阿波罗的小宇宙攻击﹐只有星矢避开了。 星矢虽然不能伤害阿波罗﹐但却以小宇宙的力量救回雅典娜。 星矢从新掁作﹐发挥超越神的力量﹐一箭射倒了阿波罗。 这颗巨大的太阳﹐最终也落下去了。