小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）以及皮卡丘（大谷育江 配音）一行来到下一个目的地，继续着他们的修业之旅。当列车行驶于陡峭山谷之时，他们意外发现了一只受伤的神奇宝贝，它正是传说中的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）。据说，世上生活着克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）这三个勇猛果敢的神奇宝贝，他们组成圣剑士共同保卫着我们的世界和所有的神奇宝贝，而凯尔迪奥正是三圣剑士的徒弟以及未来圣剑士的继承者。被小智等人救助的凯尔迪奥，刚刚从昏迷中醒来便向众人说出"酋雷姆就要来了"的话来。说时迟，那时快，话音未落，龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）突然出现在众人面前，并且发动猛烈的袭击。小智等人好不容易从酋雷姆魔爪中逃脱，并从凯尔迪奥口中得知事情的原委。原来这个自信满满的小家伙不顾三圣剑士的忠告，贸然向恐怖的酋雷姆发起挑战，可是它远远不是酋雷姆的对手，几番交手后便落荒而逃。为了救助危难中的徒弟，三圣剑士最终被酋雷姆困在严冰之中。 不久后，兼具黑龙杰克罗姆与白龙雷西拉姆双重基因与恐怖实力的酋雷姆变换不同姿态出现在小智众人的面前，其强大邪恶的压迫感令人望而却步。可是为了救出被困的圣剑士，凯尔迪奥勇敢地站出来，借助友情和诚实的力量唤醒了灵魂中潜藏的神秘力量……