1642年，李自成包围了开封城，朝内此时已无大将可用，多疑的崇祯帝不得不将名将孙传庭从狱中释放。受小人陷害已入冤狱三年的孙传庭已完全不知外面的世界，向崇祯夸口只需精兵五千便可剿灭李自成，喜出望外的崇祯命其即刻赶往潼关点兵，去解开封之围，同时密令孙传庭除掉拥兵自重的陕西总兵贺人龙。自崇祯即位以来，连续性的北旱南涝造成全国性的大灾荒，瘟疫流行，饿死病死的人横尸路边荒野之中不计其数，仅苏州一地人口即由23万户锐减至5万户。苏州吴江县中医吴又可在治疗病人过程中发现传统中医理论对于瘟疫束手无措，立志寻找瘟疫发病的原因和治疗的方法，遂朝着流民逆向而动，意在找到该病的发源地。1642年，吴又可来到了潼关。踌躇满志的孙传庭在设计斩杀了贺人龙之后，发现自己面对的是缺兵少将、缺少物资的局面。明朝兵制为世袭屯兵制，长达200多年的和平，使得大量屯田被土豪恶绅据为己有，军官长期吃空饷使得实际兵员不到在册数的三分之一，更可怕的是瘟疫使得现有军兵大幅减员。面对李自成百万大军，孙传庭自知毫无胜算，上奏崇祯请求增兵支援。天性多疑的崇祯怀疑孙传庭借故拖延，连发圣旨命其速出潼关剿灭李自成以解开封之为围。当地利益集团盘根错节，按照官制孙传庭并无权利向他们强力追讨以往偷逃的税款以充军饷，而没有军饷又如何募兵制造武器？孙传庭几临绝境……几乎同时，可怕的瘟疫在军营中开始蔓延，朔病寻源的吴又可来到军中。他向孙传庭和其老师赵川解释说，这是由一种无形无色无味的疠气，经口鼻传染的温病，决不是传统认为的普通受寒发热，不可按经方治疗。孙传庭及赵川不听吴又可的良言忠告并视其为骗子，面对纷纷病倒的兵士仍然按照张仲景的经典之作《伤寒论》施治，其结果是轻者加重，重者身亡，疫情完全失控，每天死亡军兵人数的报告让孙传庭的神经几近崩溃，不得已，孙传庭命人请回了吴又可。崇祯失去了最后的耐心，给孙传庭下了最后的通牒。万般无奈之下，孙传庭率队出潼关追剿李自成，最终孙传庭战死，1642年底吴又可写出传世之作《瘟疫论》，1644年明朝灭亡。