故事发生在与樱岛遥遥相望的鹿儿岛渔港。自当作家的父亲出海失踪之后，长田美绪就一直闷闷不乐，不再去上学。她偶尔会去水族馆打工，此外就呆在父亲留下的“金鱼号”上眺望大海，和父亲赠给她的金鱼一起过着平淡的生活。 受父亲影响、从小就擅长驾驶快艇的石黑清美是前途无量的“天才少女”。不料好友圣子在一次练习事故中意外丧生，内疚的清美决定从此不再参赛。她回到乡里的高中孤独度日，不与任何人接近。 这两个热爱快艇、又有着心灵创伤的少女偶然结识，成了好朋友。她们根据美绪父亲遗留的“宝藏地图”，开着金鱼号去无人岛寻宝。两人找到了一个箱子，里面收藏着美绪父亲写的小说《海之金鱼》。小说讲述了生活在小鱼缸里却向往着广阔大海的金鱼的故事。