由指挥官展瀚韬（马德钟饰）领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻鍊，各队员渐见成熟，合作更具默契，而面对的新挑战亦接踵而来。随著旧拍档相继离队，俞学礼（罗仲谦饰）、庄卓源（梁烈唯饰）等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批新队员：包括一心成为女飞虎的蘇文强（黄智雯饰）。飞虎队在一次拯救人质行动中，匪徒执意要见一名失踪多时的刑事情报科女探员－ 锺韦恩（锺嘉欣饰），但韦恩早以音讯杳然。飞虎队苦无对策下强攻拯救人质又遇上困局，千钧一发之际，韦恩突然出现，与瀚韬里应外合，救出人质。 飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则需接受聆讯。其他队员对此忿忿不平，团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿直斥其非。众队员有感瀚韬处事固执，向来团结的A Team竟面临四分五裂的危机，瀚韬如何化解……