1994年博士毕业后孟二冬留在北大中文系任教。孟二冬一家从烟台搬过来，在筒子楼里安了家。孟二冬用7年时间，呕心沥血完成了上中下3册共100多万字的优秀著作《登科记考补正》。所得三万块钱稿费，全都被孟二冬换成了书。期间有3次分房的机会，孟二冬都不愿意搬，因为这儿离图书馆近，以方便教学和查资料，离学生也近，可以随时为他们答疑解惑。 从日本讲学回来后，孟二冬去新疆石河子大学支教。孟二冬的品格风范，让石河子大学的师生们非常敬佩。孟二冬的嗓子出了问题，医生让他禁声一周。孟二冬把医嘱揣到怀里，忍着病痛的折磨，继续加班加点地为师生们授课，直到最后倒在讲台上。在与病魔做斗争的一年多时间里，孟二冬做了三次大手术。但是积极乐观的他还考取了驾照，并一直坚持练习书法，写的是“尺璧非宝，寸阴是竞”。 2006年1月12日，孟二冬49岁生日。学生们为孟二冬在病房里筹办生日聚会，大家一起唱起了生日歌。孟二冬引用《淮南子·原道训》的一句话：“年五十，而知四十九年非。”学生们眼含热泪。2006年4月22日，孟二冬在病床上最后一次为自己的研究生审阅论文，学生读着论文，孟二冬满意地闭上眼睛，脸上还挂着微笑，安详地倒在妻子怀中。