三十年前，在远离都市的小村庄，几只大型不明生物肆虐，很多人惨死在它们口中。神龟加美拉用毁灭自己的方式拯救了当地的居民，被传为佳话。转眼间到了二十一世纪，食品店老板的儿子小透捡到了一只刚刚破壳而出的小乌龟，于是将它带回家中饲养，并取名为豆豆。
小透十分喜欢豆豆，他发现豆豆拥有特异功能，那就是能自己腾空飞跃。小透只将这个秘密告诉了隔壁的麻衣和几个好朋友，大家都争先恐后地一睹豆豆的本领。然而豆豆的成长速度十分惊人，仅仅几天时间便已经大得出奇，小透只得将它藏在了海边没人注意的小房子里。
近期经常有人员无故失踪，小镇又开始人心惶惶。麻衣因病要入院开刀，小透将当初发现豆豆时一同找到的一块晶莹剔透的红色石头送给麻衣以保佑她顺利度过危险期。带着小透和家人的祝福，麻衣满怀信心地走进了医院，等待开始治疗。小透在目送麻衣去医院后，便来到豆豆藏身的小屋。然而豆豆却不在那里，小透四处寻找，恰好遇到爸爸，只得将背着爸爸养小龟的事情告诉了他。
突然间一只不明生物出现了，它损毁了高架桥和许多民房，人们四处逃散，现场一片混乱。此刻一只巨大的乌龟扑向了不明生物，并将它推向大海，乌龟也因体力不支倒地不醒。小透通过乌龟胸部的花纹判断，那就是自己的豆豆。国家不明生物研究小组将乌龟运往名古屋进行研究，他们怀疑这就是三十年前的加美拉的后裔。小透和小伙伴们背着大人偷偷来到名古屋看望豆豆，此刻已经被命名为蜥蜴龙的不明生物再一次出现。豆豆与之扭打在一起，但很显然它根本不是蜥蜴龙的对手，被蜥蜴龙狠狠地卡在一幢大楼的内侧。
麻衣的手术很顺利，昏睡中的她口中一直不停说着：“豆豆需要红石头”。麻衣的妈妈给小透打来电话，小透突然明白或许红石头能够给豆豆力量。于是一场传递红石头的“运动”开始了，小伙伴们从麻衣手中接过红石头依次向名古屋传来，最终交到了小透手中。小透带着红石头钻进大楼，将红石头放在了豆豆口中，并鼓励它勇敢站起来。果然豆豆在得到红石头后体力大增，在与蜥蜴龙的一场生死较量后，终于将蜥蜴龙打败。
正当孩子们为豆豆欢呼时，军队向豆豆举起了枪，他们认为这只庞然大物迟早会威胁到人类。此刻感人的一幕发生了，几十个参加传递红石头的孩子们挡在了军队的面前，他们要用他们弱小的身躯保护豆豆。在小透的再三催促下，豆豆腾空而起，飞向了远方。尽管豆豆可能永远都不会再出现，但它却永远都会停留在小透和伙伴们的记忆中。