故事发生在赣西仙女湖畔一个依山傍水名叫月兔村的地方，这里生活着一群活泼可爱的孩子:韦思奇、弯豆、乐乐、唐果、可可，他们热爱学习，崇尚科学。一天上学的路上，思奇屙尿撞上了一块刻着怪象的木头，这块木头被村里的巫师唐大仙认作“灵帝”，于是这块木头一夜之间成为愚昧的村民们顶礼膜拜的神。思奇和几个小伙伴们商议，决心揭穿唐大仙装神弄鬼的把戏。于是，他们在大家祭祀的时候巧妙地大闹土地庙，鞭打这块撞尿木头，目的是让乡亲们相信木头就是木头，不是神。这下惹怒了唐大仙，为此唐大仙设法想将他们赶出村子，由此引出了一幅幅妙趣横生的追斗场景…… 唐大仙不满足乡亲祭神的香火钱，借撞尿木头搞起了捐款建庙的商业行为，妄图榨取乡亲们更多的血汗钱，正当村民们被唐大仙迷惑跪满一地，捧着红包捐钱修庙时，天空中飘来一只风筝，这只风筝说话警示村民:“各位乡亲父老，请注意，我们所有一切都是自然给予，没有泥土、水分、阳光、空气、任何生物都不能生存，这就是天命，天命不可违，借大自然的力量来造神建庙，糟蹋村民的血汗钱，这就是违抗天命，必遭天谴。”原来这是思奇和他的同学们巧妙地运用科学原理，把微型录音机绑在风筝上放到半空中喊话，宣传科学道理。结果捐款建庙受阻，唐大仙又耍新的诡计，当唐大仙率众祭拜灵帝召降“神龙”时，思奇当众揭露白蚁真相……唐大仙恼羞成怒，趁一个月黑风高之夜向韦思奇伸出了罪恶之手…最终被绳之以法。在一系列事实面前，乡亲们终于领悟，要想脱贫致富，不能相信迷信，要相信科学，走科学发展的道路。 影片通过一系列轻松、欢快、有趣的故事，塑造了以思奇为代表的新一代农村小学生们渴求知识，相信科学，崇尚科学的生动故事。