公元2029年的时代，是一个全世界被庞大信息网络连为一体的时代，是一个人们的生活方式也许并未发生什么重大变革的时代。除了一点：人类的各种组织器官均可被人造化。因此，改造一部分身体结构的人有之，只保留大脑而全身机械化的人有之，更有人完全把自己变成了机器人。几乎所有人类都进行了不同程度的改造，很多人的身体都有着与网络连接的端口（在脖子后面），对他们来说，身体只是一个电脑终端而已，是一个容纳人类灵魂的容器。 某国外交官在与一个要求政治避难的程序员代田会面，但被公安六课逮捕，行动中，此外交官突然被来历不明的杀手击毙，而杀手也逃之夭夭。此次行动其实是公安九课的杰作，因为政府不便出面，所以瞒者六课而命令九课消除麻烦。 某日，外相的翻译被人动了手脚，九课在她的电子脑中发现了某种病毒，作案手法似乎是传说中的“傀儡王”的风格。傀儡王是一个被通缉的国际罪犯，他利用侵入大脑的方式，来指使别人为其工作。几天后，素子他们发现有一个黑客经常入侵一些公共设施的电脑，于是九课布置陷阱，抓获了这个身为清洁工人的黑客与给其程序的人。可是审问过程中，他们却发现此人的记忆早已被人所篡改，他的动机其实也是在别人的暗示之下进行的。而且那个提供程序的人的记忆也被人改动了，这两人完全都不记得自己的过去、自己的家人，甚至自己的名字，他们就象一颗被人摆弄的棋子。 素子已经陷入了迷茫的阶段，看着商店橱窗里摆放的衣服人偶，她思考身为人类究竟该有何定义，难道这身体和人偶没有区别吗？记忆也可以更改，那么身为人类到底有哪些是属于自己的呢？人类一生的记忆，与庞大的信息世界，就好比一滴水和大海的程度。 案件仍然没有停止，素子却有种仿佛被人凝视的感觉，她并不清楚这是哪里的视线。紧接着，麦格公司与政府合作生产的一个完全电脑人逃离公司，在夜间被车撞倒。九课接受了她的躯体。六课也派人来，并声称此电脑人躯体内有他们追踪多时的傀儡王，于是一干人等开始检查该电脑人的躯体。躯体内的傀儡王表明自己不是AI，虽然他的代号是“2501计划”，但是他已有了察觉自我存在的意识。此时，九课遭到袭击，电脑人躯体被抢走。素子跟踪劫匪，并在一处破旧的废墟找到了被六课藏匿的2501。 2501告诉素子，外交部、六课和麦格公司合作2501计划，而主要的程序编制者就是代田，2501的诞生只是他们的工具而已，但他产生了自我意识，逃离了他们的控制。他开始思考自己的定位，最终他得出了答案：生命与死亡！这就是一个真正人类的行为。在他漫长的寻找同伴的过程中，他发现了草稚素子，经过观察，他认为只有与她结合，他们才能更加完美。虽然结合的结果会导致2501自己的灭亡，可他仍然坚持认为：没有死亡就不是真正的生物，只有死才能带来生！这是生命不断延续发展的动力。 此刻，六课的攻击直升机已经找到了2501和素子，他们得到的命令是：消灭此二人！但是由于突然而来的干扰电波，武器系统一直无法锁定目标。 自己过去的经历，以及2501对自己的影响，素子考虑后同意了他的要求：接受他，创造新的生命！一刹那间，仿佛天使般的降临，素子和2501的灵魂融为一体。同时，干扰消除，直升机立刻对目标做出了攻击动作！即使巴特奋力抵挡也无济于事，2501和素子都被消灭了…… 一个新的素子诞生了，不，虽然她有着那人的记忆，但她并不是素子，这位少女看着庞大的世界，思考着：自己该何去何从……