天正9年，织田信长进攻伊贺，将那里的忍者斩尽杀绝。幸存下来的忍者重藏躲进深山。10年后，过去的老师左卫门前来拜访，要他行刺当时执掌天下的丰臣秀吉。重藏接受任务下山，遇到小萩，两人互生爱意。而小萩其实被德川家康的心腹服部半藏控制了心神是被派来监视重藏的。过去背叛伊贺的忍者五平以及甲贺的首领洞玄受命追捕重藏及其伙伴，令暗杀计划屡屡受挫。由于时局变化，家康撤销了刺杀秀吉的计划，并命令半藏杀死知情人灭口。而重藏决定贯彻忍者的尊严继续执行任务，他打倒洞玄，单身潜入了伏见城。然而，当他面对秀吉这位老人时……