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该剧所讲述的是大明王朝时期武林高手与朝廷捕快之间是非恩怨的故事，整部剧以男主角追查燕家堡灭门真相为主线，江湖正邪两派展开了惊心动魄的生死斗争。
明正德年间，天下连年自然灾害，民不聊生，盗匪四起。正德皇帝不理朝政，身于酒色之中不能自拔。天下大权为大太监刘瑾所把持。江湖中也是风云骤起，动荡不安。 南京官员麦玉阶为整治社会治安，召开武林选拔大会，希望能招募一些江湖人士，以江湖治江湖。这次大会选出了寒月刀、赤焰剑两位英雄，也引出了为查清燕家堡灭门惨案而行走江湖的燕追云和同样为查清丐帮被灭的丐帮新任帮主桌不凡的相识。这一切江湖动向都逃不过刘瑾的耳目。一方面刘瑾安排手下及义女上官灵灵监视江湖豪杰和文武百官的言行，另一方面，刘瑾安排皇上南巡，制造假象，蒙蔽皇上。对仗义执言的南京官员蒋钦、麦玉阶进行陷害。麦玉阶终被罢官，腿也被打残。 不打不相识，燕追云认识了救人行善的三乐和尚，救下了一些民女。也见识到了赏恶罚善的小贱。初出江湖的凤儿更是招摇过市，一路收了不少手下。
麦玉阶与女儿小乔相会于归途，不料碰上土匪打劫，幸得江南第一名捕秦照所救，令麦玉阶颇为赏识。麦玉阶虽罢官回家但仍然扶危济困，赈济灾民。此时江湖出现仇万恶的赏恶罚善令，要置麦家于死地，引来燕追云和三乐的注意，燕追云的谈吐见解颇得麦玉阶的欣赏，也得到了小乔的倾心。 燕追云为查燕家灭门真相，找到了退隐江湖的原泰山派掌门了解情况。得知当时，燕家堡、丐帮都是武林里最受人尊敬的两大门派，后来丐帮突然遇到了很严重的危机。武林中包括华山、嵩山、桓山、泰山在内的好几大帮派几乎同时接到丐帮子弟上门求救。：说燕家堡要灭了丐帮，独霸江湖。各门派听了丐帮子弟的话，都很吃惊，甚至不敢相信。决定上燕家堡问个清楚。在路途中，每一个帮派每天都有一个弟子死在燕家剑法之下。这种状况一直持续到各路帮派集合各派好手在离燕家堡十里地相汇合时，大家终于发现了下杀手的就是那些上门求救的丐帮子弟。他们说他们本来就是燕门弟子，屈居丐帮就是要等待一统江湖的机会。而丐帮帮主已被燕家堡杀了，丐帮秘笈〈七杀经〉也落进了燕家堡。丐帮陷了入严重的内乱。所以各派血洗了燕家堡！这更是人人都想得到秘笈《七杀经》。 燕追云追查真相过程中，相关人士都不愿说出真相，被仇恨纠结的燕追云大开杀戒，被众多江湖人士追杀。凤儿了解此情况后，便冒充燕追云出更大的风头。却被众江湖人士围攻，燕追云出手相救追问她为何会燕家剑法。
凤儿没有告诉燕追云自己的来历，继续冒充燕追云。当他得知仇万恶要灭麦家后，便闯入麦家，还绑走了小乔。此后，燕追云隐瞒身份和三乐来到麦家欲帮助麦家，被寒月刀、赤焰剑阻挠，麦家总管陆二爷和他儿子陆长春不明就里，寒月刀、赤焰剑指出其就是燕追云。 凤儿与小乔相处甚欢，交上了朋友。追踪而来的秦照看到小乔安然无恙，也就放心，因为此时的麦家更危险，不如和凤儿呆在一起。 江湖侠士黄一刀来到麦家，追问麦老爷为何先祖留下一块玉牌 ，上书“黄家子孙必须誓死效忠麦家”。麦老爷告诉他，黄、麦两家有着很深的历史渊源，希望黄一刀能遵守玉牌上的话。 小贱找到凤儿，要抢回小乔。双方围绕小乔展开争夺，更引出仇万恶和凤儿、燕追云动手。仇万恶看在凤儿父亲的面子放过了他们。燕追云告诉小乔自己的真实来历，小乔更被其吸引，并说要帮助燕追云查清真相。 麦府上下一片恐慌，如不做一件坏事，就会被仇万恶杀死。黄一刀的玉牌也不翼而飞，而寒月刀、赤焰剑更是趁机煽动麦大人联络颇有江湖地位的文十三起兵造反。麦大人开始怀疑寒月刀、赤焰剑是否是刘瑾派来的卧底。皇上街头巧遇香梅，被其迷住，朝中大事全交给刘瑾处理。
陆长春贪生怕死，想逃跑，被陆总管和麦玉阶发现。麦玉阶放走了他，陆长春还要小乔和他一起走，被三乐发现，只得作罢。燕追云怀疑仇万恶练的就是《七杀经》上的武功，也许他会知道燕家堡被灭的真相。 凤儿和神偷金满指巧遇，并一较高下。燕追云出手帮助凤儿。 上官灵灵发现东厂的锦衣卫习练各家武功为的是更好的控制江湖。卓不凡与属下白长老也来到杭州，追踪燕追云，希望得到《七杀经》的下落。 凤儿要帮燕追云讨回清白，被燕追云斥为胡闹。黄一刀召集众多江湖人士进驻麦家，要合力对抗仇万恶。凤儿要带小乔见识一下江湖人物，于卓不凡相识，卓不凡对小乔一见钟情。卓不凡、凤儿在众多江湖人士中提议暂且抛开恩怨，以武功天下第一的凤七先生的名义召开屠魔大会，比武选出盟主，以号令群雄，统一行动对付仇万恶。凤儿明白小乔喜欢燕追云，时不时试探燕追云的态度。凤儿要燕追云当盟主，以防众人对燕追云不轨。
凤儿要金满指教燕追云点穴法好赢得盟主地位，但金满指劝凤儿不要招惹仇万恶。大臣刘大夏抓住一个刘瑾手下，以此进谏皇上，铲除刘瑾势力。刘瑾得知后立即派上官灵灵暗杀这个手下，并倒打一耙，让皇上厌恶那些忠臣。燕追云感谢凤儿帮他，但并不愿其插手太多，秦照也警告凤儿不要捣乱，三人不欢而散。秦照在屠魔大会上抓捕江洋大盗，引起群雄不满，黄一刀更是不理解，声称他只听屠魔大会盟主的，秦照决定参加比武夺取盟主地位。 崆峒派李不通、童天抓住了金满指，询问《七杀经》下落，得知已落入仇万恶手中，随后他们又抓住了偷听的凤儿。凤儿讲述了《七杀经》的来历，金满指讲述了这本书在江湖的流传过程，指出这本武功密笈纪录的都是邪魔武功，丐帮卓老帮主保管《七杀经》完全是为了避免江湖有更多的杀戮，让更多的人为这本书而送命。金满指还讲述了仇万恶的身世，原来他也是好人，后被师傅陷害，受到刺激，这才发誓要杀尽天下所有伪善人，得到《七杀经》后更是名震江湖。 燕追云不见凤儿踪影，心中开始挂念，并开始寻找凤儿。
李不通要金满指为他偷得《七杀经》。白长老希望秦照赢得盟主，李不通则怕秦照为难自己，暗下毒手破坏秦照与黄一刀的比武。最后秦照为保护黄一刀输掉比武，黄一刀大为敬佩，甘愿秦照当盟主。 秦照开始安排围捕仇万恶的计划，一路在城外引蛇出洞，一路在麦府设下机关守株待兔。 秦照与燕追运惺惺相惜。金满指巧计骗过童天脱身，救得凤儿。仇万恶识破秦照计谋。燕追云等人不敌仇万恶，放跑仇万恶。卓不凡趁机与小乔增加独处时间，但小乔对卓不凡并无好感。
卓不凡有意在小乔眼中树立大侠形象，凤儿死里逃生回来见到燕追云，两人的关系变得十分微妙。卓不凡要白长老控制金满指，让他趁机偷《七杀经》。小乔帮助燕追云和凤儿摆脱众江湖人士，离开麦府。 李不通抓住小贱，要小贱带路去找《七杀经》。燕追云救下小贱，却被江湖人士误认为燕追云和仇万恶是一伙的，更逼迫燕追云娇出《七杀经》。双方开打，此时仇万恶出现就走燕追云。小乔要独自去救燕追云，被麦大人训斥，卓不凡适时出现，骗取小乔信任。秦照故意放走小倩，以图追踪仇万恶的下落。仇万恶给燕追云输入自己带有《七杀经》武功的内力，逼迫燕追云习练，并要求燕追云打败自己。
燕追云在仇万恶的逼迫与调教下，武功精进。仇万恶为解小贱所中的李不通的毒，抓来了童天，得知解药在李不通手里，仇万恶告诉童天要想不死就必须杀掉燕追云，实则是拿童天来提高燕追云的武功。秦照在麦府的种种侦查行为引起了麦大人的怀疑。仇万恶同样抓来了李不通，解了小贱的毒。李不通看见童天求饶的丑态，怒不可遏，掌毙了童天。仇万恶同样拿李不通作靶子给燕追云练习武功，以求自己死后有所传人。卓不凡告诉小乔自己会保护小乔，麦府上下又做好了准备，对付仇万恶。仇万恶制住燕追云，去血洗麦府。凤儿赶来，解开燕追云的穴道。众人赶回麦府要阻止仇万恶。
仇万恶与麦玉阶对峙，并与一神秘人物交手，后与众江湖人物大战，被卓不凡偷袭，惨死在卓的剑下。仇万恶临死前把小贱托付给燕追云，并告诉燕追云他所练的是《七杀经》下部，如没有上部练习，对身体危害很大，会损伤心智。燕追云给小贱改名叫做小倩，要她弃恶从善。卓不凡趁乱让金满指偷得了《七杀经》的下半部，并杀死了金满指。燕追云因练习邪功变得神志不清，恶念丛生，众江湖人士追缴燕追云，并打伤凤儿。卓不凡告诉小乔凤儿已经与燕追云在一起了。燕追云在照顾凤儿的同时，与凤儿的感情日益加深。燕追运用《七杀经》上的武功杀了几个江湖人士，引来卓不凡等人的跟踪。凤儿为解燕追云身上的邪功，带燕追云和小倩来到三乐的寺庙。卓不凡对小乔表白心意遭到拒绝。众人来到三乐的寺庙要找燕追云对峙，燕追云解释不清，用掌自杀这才使众人离去。幸好燕追云自杀未遂，被三乐救了过来。
三乐与师兄三怒要为燕追云疗伤，需要凤儿护法，卓不凡自告奋勇去看住李不通等人，但遭到凤儿的不信任。果然，有人在疗伤期间对三乐暗下毒手，破坏了疗伤，凤儿怀疑是卓不凡所为。卓不凡从燕追云处打听到《七杀经》要上下两部合练才行。 凤儿要带燕追云去断情谷找凤七疗伤。一路上他们碰到很多武林人士到断情谷参加比武招亲大会，这其中包括武林四大世家的公子。四大公子为难燕追云，幸得文十三出手相助，两人识英雄、重英雄。凤儿要燕追云装作参加比武招亲的人混入断情谷，自己单独行动。燕追云进入断情谷后，找到凤儿并见到凤七，这才知道凤儿就是凤七的独生女。凤七比较固执，不愿白白救燕追云性命，父女俩人大吵一架。凤儿被凤七关了起来。燕追云发现卓不凡、文十三、秦照都来到了断情谷，大为不解。燕追云为了能和凤儿光明正大在一起，决定参加比武招亲。
比武开始，文武皆考，燕追云与文十三通力合作，顺利晋级，秦照此时警告燕追云远离文十三。小倩发现连陆长春也来参加考试，而且武功长进了不少。凤儿逃出，偷看燕追云参加比赛，心中无限甜蜜。原来陆长春投靠了刘瑾，帮卓不凡扫清比赛障碍。在下一轮比赛中，四公子神秘退出。
燕追云因为深受内伤，在比赛中情况危急，文十三出手相助，故意输掉比赛，换的燕追云晋级。文十三退出比赛，秦照、陆长春也随即退出，令凤七大为意外。原来是秦照怀疑文十三，特地来跟踪他的。凤儿和小倩也教训了陆长春，但没有问出什么有价值的情报。白长老要暗地帮助卓不凡取胜，请刘瑾手下骚扰燕追云，消耗他的实力，但被卓不凡阻止，原来白长老、陆长春都已投靠刘瑾。卓不凡对此还一无所知。凤儿与凤七和解，凤七很看重燕追云，希望他在最后一轮考试中能够胜出。燕追云也对凤儿表明了心迹。决赛开始，卓不凡凭借《七杀经》的武功获胜。 凤七质问卓不凡从何处得来《七杀经》，并想借阅以破《七杀经》上的武功。卓不凡知道凤七有以一换一的规矩，想以《七杀经》换的和凤儿的婚事。谁知突然出来一个黑衣人打断谈话，凤七追这个黑衣人进到一个破屋。
凤儿、小倩、燕追云想到破屋一探究竟，被凤七阻拦。凤七宣布要把女儿嫁给卓不凡，凤儿以死相逼。凤七迫不得已，要退回《七杀经》，但卓不凡提出只要凤七日后在卓不凡需要时能为他做一件事，《七杀经》仍然可以给凤七，凤七答应下来。燕追云救出被软禁的凤儿，逃到破屋，发现破屋墙上写有《七杀经》，凤七更是与黑衣人对打，三人趁乱逃到崖边，小倩去找出路，而燕追云被随后追来的凤七一掌打落悬崖。燕追云落下悬崖，被杜红颜所救。得知杜红颜是凤儿的姨娘，更与凤七有着一段感情纠葛，只因两人皆心高气傲，赌气十几年。凤儿眼见燕追云跌落悬崖，精神大受刺激。杜红颜不仅帮燕追云治好了内伤，还要把武功传授给燕追云，燕追云不从。杜红颜因为受情字困扰，练功中不慎走火入魔，无奈下燕追云习练杜红颜武功，以救治杜红颜。 小倩并不相信燕追云已死，发誓要下到悬崖底部找到燕追云。卓不凡则利用断情谷打乱的时机想探破屋和黑衣人的究竟。凤儿神志恍惚，也跳下悬崖要找燕追云。
凤七也随即跳下悬崖去救凤儿，此时凤七、杜红颜、燕追云、凤儿得以相见。凤七、杜红颜终于破镜重圆，燕追云也和凤儿劫后余生，小倩也找到了他们，一家人其乐融融。燕追云从凤七口中得知，破屋中的黑衣人就是丐帮的黑长老，在丐帮被灭中生还，为求安全，拿《七杀经》上半部找到凤七换取他的保护。凤七要黑衣人练习《七杀经》武功供他破解之用，但黑长老也因习练邪功变得神志不太正常。此时卓不凡和白长老已经黑长老带离断情谷，并得到了《七杀经》的上半部。燕追云不提娶凤儿一事，却要《七杀经》上部，以求洗刷燕家堡冤屈。凤儿便想去破屋偷《七杀经》不让燕追云拿到，却意外碰到卓不凡带黑长老离开，凤儿被卓不凡抓走带回该邦总舵。燕追云和小倩也离开断情谷，一路上得知退出比赛的四大公子好像互相攻击而死，已经在江湖上引起了四大世家的互相拚杀。
卓不凡要求白长老全力救治黑长老，希望能够得到当年事实真相，他自己则要闭关修炼《七杀经》。燕追云怀疑江湖大仇杀与丐帮有关，便来到洛阳该邦总舵。白长老想杀掉黑长老灭口，刘瑾手下吩咐白长老要麻痹燕追云，不能让他怀疑丐帮，白长老将计就计把燕追云引到了怀疑文十三的路上。此时，文十三派名妓九姑娘捎信给燕追云约他南京一见。就在白长老要杀黑长老的时候，九姑娘及时救走了黑长老。燕追云没有答应文十三的邀请，开始暗中调查九姑娘。文十三和九姑娘借着与高官拉拢关系，调查他们的罪行，然后暗杀他们。燕追云发现黑长老很有可能被文十三藏在了一家肉铺中。
九姑娘在对一个贪官行刺时被秦照当场逮捕，文十三想利用这次事件好好筹划，但九姑娘的丫环不理解，要自己去救。 秦照审讯九姑娘，得不到什么与文十三有关的信息，他接到命令，将直接听命于东厂也就是刘瑾的调遣。秦照不让燕追云到大牢见九姑娘。九姑娘的丫环看见大牢有埋伏，才明白文十三的用心。燕追云要去找黑长老，却发现黑长老已死，原来是刘瑾手下杀人灭口。燕追云通过对秦照的跟踪发现文十三不仅与九姑娘有着很深的情谊，而且与朝中高官的关系很好，甚至不惜重金的巴结他们。燕追云当面质问文十三，却了解到燕家竟有恩于文家，文十三救黑长老也是为了调查惨案真相。文十三让陆二爷回去劝麦大人起兵造反，九姑娘则在大牢里发现了文十三的父亲，燕家堡丐帮被灭时失踪的文庆来。
燕追云发现东厂在监视文十三，刘瑾向手下表明他要造反的心迹，并穿起了龙袍。刘瑾调动军队向江南移动，想逼麦玉阶造反。文十三设计见到皇上，告诉他刘瑾的狼子野心，皇上得知军队被刘瑾调动，大惊，要抓刘瑾，刘瑾得知消息，马上觐见皇上，说调动军队是为了对付麦玉阶，一番花言巧语将皇上哄骗过去。 文十三告诉燕追云自己贿赂官员是为了买下灾粮，不让大小官员克扣，再发到灾民手里，然后把那些贪官杀掉。东厂开始紧逼麦玉阶，封掉麦家的店，不卖给麦家粮食。但麦玉阶仍然对造反一事不置可否。 白长老让陆长春从镖局入手开始对付文十三，陆长春威胁善仁镖局投靠他们，并灭了另外两家镖局。燕追云、小倩发现了这其中的蹊跷，决定到善仁镖局查探。
秦照发现两家镖局被灭是因为他们不愿对付文十三，燕追云决定去善仁镖局打探。但善仁镖局老板白善仁却神情怪异，直到来者是燕追云后，马上与其交手，趁机交给燕追云一封求救信。 就在陆长春要对善仁镖局下毒手时，接到求救信的文十三赶来抓住了陆长春，陆长春喂球或明告诉他们是卓不凡他们要对付文十三。此时秦照通过验尸发现黑长老是死于《七杀经》武功之下。秦照告知燕追云九姑娘要见他，在大牢中，九姑娘许诺只要燕追云救她出去，他便告诉燕家堡一事真相，就在燕追云犹豫之时，小倩已动手迷晕秦照，燕追云不得以救出九姑娘和文十三的父亲文庆来。见到文十三时，燕追云才知道这都是他的计谋，借燕追云之手救出他们。九姑娘也不知道燕家堡的事情。文十三说他父亲知道真相，但要等文庆来恢复神志才行，文十三告诉燕追云自己是南宋名臣文天祥后代，一直想光复大宋，并力邀燕追云投入到起义大业中来，但被燕追云婉言谢绝。秦照捉拿放走九姑娘的燕追云，上官灵灵也来帮忙，上官灵灵刺伤了小倩，小倩危在旦夕，燕追云带小倩逃到一处破庙，把随身玉佩留给小倩，要去找大夫救治小倩。
燕追云在找大夫的路上碰到找凤儿的杜红颜，杜红颜不让燕追云救小倩，要燕追云跟随自己找凤儿，并点了燕追云的穴道。小乔把自己对燕追云的情谊都作在画中。小无赖双双因与麦府发生矛盾被麦府仆人打伤，进驻麦府。白善仁最终没有逃过东厂的黑手，惨遭灭门。 小乔发现双双有一块和燕追云一样的玉佩，以为她就是燕追云失散多年的妹妹燕无双，麦玉阶抓到了一个杀害白善仁全家的身负重伤的凶手，居然是陆长春，陆长春指认是文十三要他干的。双双为了骗点钱财，开始胡乱承认自己就是燕无双，小乔对她十分的好。小乔得知官府通缉燕追云十分着急。纵观鲁尔也发现双双的真实身份并不是燕无双。双双眼看不妙，想偷点东西走人，却碰到了要救燕追云的小乔，双双骗小乔自己也是要去救燕追云，两人一同上路。杜红颜受到燕追云的指责，一怒之下废了燕追云的武功，自己去找卓不凡要凤儿，但被白长老告知过一天才可见到卓不凡。燕追云赶到破庙，得知小倩已死，只捡到自己的玉佩，伤心欲绝，在小倩坟前遇到了三乐，要一同前往丐帮。小乔发现凤儿被关在丐帮，便让双双去无锡打探燕追云的消息，自己留在丐帮救凤儿。
凤儿骗过守卫，逃出牢房，找到卓不凡，想破坏他修炼《七杀经》，卓不凡不受她的骚扰，放了凤儿，凤儿刚出总舵，就被白长老一掌打落山下。寻找小乔的黄一刀发现了双双和她的表妹丹丹，抓了双双要她去找小乔。燕追云、三乐遇到杜红颜，杜红颜与三乐恶语相向，原来他们两人也是旧相识。小乔发现跌落山下的凤儿。卓不凡故意刺激杜红颜，好让她和自己过招，以吸取她的内力练成《七杀经》武功。燕追云识破卓不凡的诡计，急忙带杜红颜离开。反而遇到小乔、凤儿。燕追云、凤儿紧紧相拥，忽略了小乔，小乔不胜感慨，此时黄一刀找到小乔，将她带走，小乔这才得知双双骗了她。卓不凡赶来追杀燕追云、凤儿。燕追云以自己做人质，放走凤儿，凤儿怕卓不凡加害燕追云，随口乱说小乔在她手中，要用小乔换燕追云。在回麦府的路上，双双向小乔认错，小乔放走了双双，也忘了问双双那块玉佩的来历。原来双双早已把那块玉佩卖了，被转到了上官灵灵手上。 秦照得知陆长春在麦玉阶手上，要求见陆长春，但被拒绝。秦照又得知文十三和九姑娘的落脚处，前去侦查，发现上官灵灵也在跟踪他们，双方激斗，秦照为保护上官受了毒针，九姑娘文十三逃脱。上官为秦照疗伤，上官故意放走文庆来是为了更好的追查文十三的动向，上官暂时停止了秦照的工作，安排他押送灾银。
秦照将自己所查到的关于文十三造反和丐帮的情况向上官汇报，谁知上官全都知道，上官坚持秦照首先要押送灾银。 在丐帮牢房中习练武功的燕追云受了卓不凡的摄心大法，完全受卓不凡控制，卓不凡告诉白长老那日凤儿受了他的毒掌，也活不了多久。凤儿找到心事重重的小乔，央求她去救燕追云，却毒发晕倒。小乔执意去和凤儿救燕追云，麦玉阶无奈，只好派黄一刀一路保护。黄一刀、小乔在街头发现了燕追云的身影。但燕追云好像并不认识他们一样。黄一刀他们猜测燕追云被摄心大法所控制。凤儿不相信这些，独自去寻找燕追云了。 秦照押送灾银，中了埋伏，丢了灾银，只好背着罪名独立寻找灾银。凤儿找到她的徒弟们打听燕追云的下落，得知燕追云总是找文十三的麻烦。文庆来身体恢复健康，约麦玉阶见面。这面陆长春也康复，并说他是文十三的人，一切坏事都是文十三指使他做的，还要杀他灭口。陆长春还告诉麦玉阶文十三要造反。
总管陆二爷亲自问儿子陆长春他所说的是真的吗？陆长春一口咬定是文十三，陆二爷许诺如果陆长春敢与文十三当面对质，就饶他不死。 麦玉阶在去见文庆来的路上看到小乔，一家人便一同去见文庆来。陆长春看见文十三这才知道麦玉阶才是起义造反的领袖人物，马上招供他是卓不凡的手下，为了丐帮扩张势力才做下了许多坏事。文十三此时也得知卓不凡练就了《七杀经》，燕追云受了摄心大法在四处找他麻烦。文庆来劝麦玉阶起义，但麦玉杰以天下苍生为重，怕战争给本已受天灾折磨的百姓雪上加霜，对起义持保留意见。文庆来为防不测，提出了当年他和麦玉阶定下的娃娃亲，要文十三娶小乔，这样两家姻亲，至少不会对文家不利。但文十三已有九姑娘，坚决反对。九姑娘希望和文十三远走高飞，但文十三知道自己有大任在身，九姑娘伤心离去。此时，文庆来却再喝过小乔送来的茶后，中毒身亡。
陆长春在这关键时刻逃跑，所有人怀疑是陆长春是杀害文庆来的凶手。陆二爷、文十三追上陆长春，还没等文十三将事实真相问清，陆二爷就亲手杀了陆长春。 麦玉阶也将自己的身世告诉了小乔，原来他们本不姓麦，他们是南宋王室后裔，麦玉阶一直担负着光复大宋的使命。陆二爷、黄一刀、文十三都是南宋名臣的后人，这几家一直辅佐麦家准备起义。秦照一路追查灾银的下落，结识了靠划船为生的丹丹，丹丹油嘴滑舌，但钟情于秦照。秦照来到无锡，顺便帮助地方官办案。
秦照办案过程中，发现了灾银的线索，更发现了这是一起里应外合的案件。丹丹也在四处打听双双的下落，虽然没有消息，却也得知皇上要下江南，江南名妓要选花魁，选中者要进宫侍奉皇上。秦照和丹丹被绑至东厂大牢，得知自己去无锡是被丹丹所骗，有人利用丹丹。原来是刘瑾引秦照到无锡，为的是不打草惊蛇，查清到底谁劫走了灾银。刘瑾查出是文十三劫走灾银，更要在晴龙山召开武林大会，刘瑾派秦照去武林大会一探究竟。上官让秦照训练丹丹成为锦衣卫，丹丹不胜欢喜。
丹丹懒散成性，并不好好训练，害的秦照被上官灵灵训斥。凤儿得知要举办花魁大赛，认为燕追运一定会出现，便决定参加。果然，在大赛会场，文十三要行刺皇上，燕追云受到摄心大法的控制，要杀文十三，反而救了皇上。文十三受伤逃脱，皇上要封燕追云为御前侍卫，刘瑾便派手下找了个假燕追云蒙骗皇上，然后派上官灵灵杀掉燕追云。上官灵灵发现燕追云的玉佩与自己那日从当铺老板手中的得到的双双卖掉的玉佩一样，心中怀疑自己和燕追云可能有某种联系，便救了燕追云。而燕追云又被凤儿等人救走。凤儿为救燕追云，用自己的鲜血炼药。燕追云的伤好了，凤儿却危在旦夕，悄悄赶回断情谷疗伤。文十三帮凤儿隐瞒了此事，告诉燕追云，凤儿没事，并告诉燕追云要召开武林大会，把他从文庆来口中得知得燕家堡、丐帮被灭门一事的真相大白于天下。
燕追云在武林大会之前去找杜红颜，杜红颜没有找到，却目睹了一场杜红颜的旧相识互相残杀的丑剧。但经过此事，燕追云对自己燕家的武功的理解又上了一个层次。大难不死的小倩也去找杜红颜，希望能知道燕追云的下落，无奈两人总是错过。
文十三在武林大会上将真相说出：《七杀经》根本是一本邪功大全，记录的很多是化功大法、移魂术之等邪派功夫。当年丐帮虽然分为南北两派，但是帮主和长老皆是德高望众之士，并无一人修炼此功。为表审慎，南北两派各执一册。但是却引得江湖上无数武林人士的垂涎，屡屡袭击丐帮，丐帮为了慎重起见，决定将此书销毁！当年燕雪燕大侠也就是燕追云的父亲在江湖上行侠仗义，声望极高，因此丐帮众长老一致推从由燕雪出面，监督销毁《七杀经》，不想，丐帮内白长老暗自勾结东厂，引来扮成丐帮弟子的官兵，于是便发生了所谓的丐帮弟子互相厮杀的惨剧。丐帮的帮主和燕雪燕大侠当场被内奸所杀，而众长老也难逃一死，只有黑长老、白长老活了下来。白长老他把一切责任都推到燕家堡燕雪大侠的身上，更加诬陷燕家的人偷了丐帮的经书，以至于还有人在追杀燕追云。 文十三更将文庆来当年搜集的白长老写给刘瑾的信给大家过目。文庆来当年本来要赶往燕家堡揭露白长老勾结东厂的秘密，谁知半路便被刘瑾抓获，一关十年。卓不凡得知此事真相，当众杀了白长老。文十三、燕追云本要与卓不凡决战，但被卓不凡逃脱。燕追云沉冤得雪，万分感激文十三，同意加入推翻刘瑾奸政的大业，更与文十三结拜。
秦照赶走丹丹，丹丹又被上官灵灵委以另用。卓不凡来到埋伏，想娶小乔。麦玉阶惹不起卓不凡，加以拖延。文十三、燕追云也来到麦府，与麦玉阶讨论起义之事。燕追云从小乔口中得知凤儿为了救她用鲜血炼药。卓不凡也知道麦玉阶等人的起义计划，表示要联手合作。麦玉阶只好假意同意，要利用小乔除掉卓不凡。除了黄一刀、陆二爷、文十三，还有一个叫张修奇的和尚也是南宋遗臣后代，武功高强，当日就是他与仇万恶过招，保护了麦玉阶。燕追云与小乔把各自的想法表明，他们只能做朋友了。夜晚燕追云去找文十三，却发现文十三已被人害死，大家怀疑是卓不凡所为，但卓不凡道出昨晚他已把占了小乔，有不在场的证明，所有人顿感晴天霹雳。小乔无奈同意嫁给卓不凡，燕追云离开麦家追查种种悬疑。麦老爷让卓不凡、黄一刀去收服文十三的部众，自己去联系一支秘密部队，谁知这秘密部队也是被刘瑾所掌握的。
张修奇袭击卓不凡，上官灵灵救了卓不凡，卓不凡同意和刘瑾合作，以确保自己能够一统江湖。上官灵灵回忆过去，自己一只携带的玉佩坏掉，拿去玉器店修补，却意外得知自己是燕家后人，她去问义父刘瑾，得到的却是模糊的答案。刘瑾更是放火烧了玉器店，那块玉佩下落不明。直到从双双手中再次得到。 秦照的刚正越来越妨碍刘瑾反叛，刘瑾派上官灵灵除掉秦照，上官不忍动手，放走秦照，这一切全被凤儿看见。上官告诉凤儿当年凤七也参与了燕家堡一案。 卓不凡中了凤儿、九姑娘的埋伏，凤儿更挑明卓不凡与刘瑾的关系，双方激战，黄一刀惨死在卓不凡手下，卓不凡很奇怪的带走了黄一刀的尸体。这时九姑娘说出南宋灭亡的时候，国库里的银子转移到了一个秘密的地方，藏宝的地方刻在了四块玉牌上，分别由麦家的四大家臣保管，文公子身上有一块，黄一刀和陆二爷身上各有一块，还有一块就是在一个叫张修齐的人手里。卓不凡知道这个秘密，就是要收集这四块玉牌，得到宝藏。 凤儿讲述了自己危在旦夕被张修其所救一事，因为凤七答应过要为卓不凡做一件事，所以凤七很可能杀不了卓不凡，当今也就只有张修起能够刹卓不凡了。此时，被卓不凡控制的麦府，布满了丐帮弟子。麦玉阶带着小乔、陆二爷从地道逃跑。
张修奇阻拦卓不凡，九姑娘、凤儿带领小乔逃跑。但是凤儿中了调虎离山之计，九姑娘惨死，麦家父女还是被卓不凡抓住。张修奇宅心仁厚，为了小乔的安全，自费武功，更被卓不凡杀死。卓不凡也承认文十三是他杀死的。 麦玉阶根本就不想起义了，只想把南宋留下的宝藏赈济灾民，但卓不凡苦苦相逼要麦玉阶交出藏宝图，麦玉阶不从。上官派丹丹进入麦府，作药膳治疗麦玉阶的残废之腿，希望以治好他的腿来激起他的斗志重新起义，这样刘瑾就有借口出兵剿灭麦家，顺势造反。 陆二爷最终沉不住气，要以死相逼，以小乔相逼麦玉阶起义，这才明白文庆来是陆二爷所杀，为的是不让他威胁麦玉阶的地位。
卓不凡赶到杀了陆二爷。丹丹为了保护秦照被刘瑾的人杀死。上官要秦照去杀掉燕追云。上官和卓不凡再次相逼麦玉阶交出藏宝图，麦玉阶答应等他斋戒熏沐，上告祖先后交给他们。燕追云偷偷赶到，麦玉阶将藏宝图交给燕追云，希望他能将宝藏取出大济天下，自己则服毒自杀。上官、卓不凡追杀燕追云、凤儿。上官中了凤儿的埋伏，深受剧毒，被秦照所救。秦照得知上官的身世，劝上官与燕追云相认，不要再助纣为虐。上官在与秦照的相处和不断冲突中，互相了解，也有所改变，开始渐渐认同自己的身世。小乔屡次劝卓不凡放弃杀戮不果，只有自杀。
上官开始怀疑刘瑾所灌输给他的世界观，不断提出疑问。刘瑾很不高兴，下决心要尽早行动。上官与燕追云相遇，追问自己的身世，燕追云觉得她就是燕无双。在燕追云、凤儿找寻宝藏的路途中，上官屡次要杀他们，但每回都下不了手，她在上官灵灵和燕无双的身份中挣扎徘徊。江湖上的人士得知燕追云有藏宝图，又大举追杀。燕追云、凤儿看清了他们的丑恶嘴脸，决定赈济灾民后，就退隐江湖。不断有江湖义士刺杀刘瑾，虽都不成功，但更让刘瑾觉得要及时反叛，更要找机会除掉卓不凡。江湖人士及卓不凡围追燕追云、凤儿。少林寺方丈古生大师将它们藏入少林。
少林为善出头，帮助燕追云。卓不凡把矛头转向少林，逼少林交出燕追云，双方对峙，卓不凡更借东厂力量，强逼少林寺搬到南海，否则火烧少林。小倩死里逃生后巧遇燕追云，此时凤七要卓不凡交出《七杀经》，而卓则要凤七遵守曾经的承诺。小倩假冒仇万恶要杀尽天下伪善人，遭到燕追云的斥责，燕追云要小倩退隐江湖。 小倩不听，秦照设计抓住了她。秦照告诉小倩，小倩的生父为朝中兵部大臣金正南，她杀的善人都是曾经与金正南为同事的人。燕家堡被灭时，金正南暴毙，那些同事也纷纷辞官回家。其实这些都是刘瑾清除朝中异己的手段。《七杀经》也是他故意留给仇万恶，以引起天下大乱，方便他筹划叛乱。仇万恶死后，刘瑾便选择小倩假冒仇万恶继续扰乱江湖。凤七因为承诺过卓不凡，不可能手刃卓，便把与卓不凡决战的任务交给燕追云，并告诉他胜利的诀窍。凤儿坦然告诉燕追云当年凤七也受到利用参与了燕家堡一案，燕追云没有怪罪，两人的情意反而更深了。少林方丈古生大师为了能让燕追云顺利把宝藏交给灾民，要独自抗击卓不凡，燕不从。
燕追云与卓不凡决战，卓不凡被燕追云找到弱点，不敌身亡。小倩发现一个人长的极象仇万恶，但是名叫阎老三。此人心地善良，对小倩十分好。经过相处和了解，小倩发现阎老三就是她的亲生哥哥，当年阎老三为避刘瑾所害，将金姓改为阎姓，其妹也就是小倩后被仇万恶抢走。兄妹相认，不胜唏嘘。小倩当了教书先生，简单的生活令她不亦乐乎。刘瑾手下抢先夺取宝藏，燕追云等扑了个空。上官灵灵找到刘瑾问清了一系列疑问，确认自己就是燕无双，上官与刘瑾两人最终含泪决裂。
秦照劝上官灵灵勇于面对自己选择正确道路.刘瑾反叛在即，秦照力邀燕追云、凤儿联手对付刘瑾，并安排燕追云与燕无双相认。皇上得知刘瑾反叛，马上派秦照抓刘瑾，在皇上与刘瑾对峙的紧要关头，皇上的爱宠香梅露出真实身份，她原来是刘瑾安插在皇上身边的耳目。此时香梅持刀挟持皇上，情况危急，幸得秦照出手杀香梅，救得皇上，刘瑾趁乱逃走。 决战开始了，秦照、燕追云、凤儿、燕无双四人杀向刘瑾的老巢。谁知刘瑾武功出神入化，众人均不是对手。凤儿更为保护燕追云惨死在刘瑾手下,，一番激斗过后四人不敌刘瑾，刘瑾见大势已去干女儿灵灵不再爱他，心甘情愿的死在了无双的剑下。一切归于平静，皇上此时精神上已受刺激，不愿面对现实，精神恍惚，赶走了秦照。身边的太监钱宁巧语哄骗皇上，得到了皇上的宠爱，新的“刘瑾”又将出现。 燕追云怀着一腔深情自杀殉情随凤儿而去。